В Мордовском заповеднике ежегодно проводятся исследования популяций орхидей, включенных в Красную книгу Российской Федерации. 
Венерин башмачок настоящий (Cypripedium calceolus) на территории Мордовского заповедника известен в виде достаточно крупной популяции, особи которой цветут и плодоносят. По данным наших исследований, около 40 % особей в популяции ежегодно цветут. Отрадно, что среди всех растений присутствуют наиболее молодые, начинающие свой жизненный цикл, особи. Это дает основания полагать, что состоянию и целостности популяции венерина башмачка в настоящее время ничего не угрожает.

В заповеднике встречается также неоттианта клобучковая (Neottianthe cucullata), одна из популяций которой была найдена недавно, в 2011 году на границе с пожарищем. В настоящее время сложились благоприятные условия для редкого вида, о чем свидетельствует большая доля молодых растений в исследуемых популяциях.

Кроме того, на территории Мордовского заповедника ведутся поиски третьего вида орхидеи из Красной книги Российской Федерации – пыльцеголовника красного (Cephalanthera rubra). Ранее известные популяции этой орхидеи располагались на территории, подвергшейся воздействию пожаров в 2010 году.