Ареал окуня широкий: бассейны рек Северного Ледовитого океана, Балтийского, Черного, Азовского, Каспийского, Аральского морей, оз. Байкал.
Окунь - озерно-речной вид, приспособленный к жизни в прибрежной зарослевой зоне водоема, где он питается зоопланктоном, бентосными организмами и молодью разных видов рыб, которые сменяют друг друга в рационе по мере его роста. Однако в разных водоемах пища окуня значительно различается в связи с составом кормовой базы. В некоторых водоемах окунь в течение всей жизни потребляет зоопланктон, или остается бентофагом, не переходя на хищничество. В крупных озерах и водохранилищах с богатой и разнообразной кормовой базой и обилием подходящих для него биотопов окунь образует 2 или 3 экологических формы (расы), различающиеся местом обитания, составом пищи и темпом роста. Прибрежный мелкий окунь растет медленно и питается беспозвоночными, а глубинный растет быстро и ведет преимущественно хищный образ жизни, питаясь молодью разных видов рыб (главным образом карповых и окуневых). Темп роста и сроки полового созревания на столь обширном ареале окуня сильно различаются. В мелких и малокормных водоемах за первый год он едва достигает 5 см длины, а к 6 годам - 20 см. В крупных озерах и водохранилищах, в дельтах крупных рек годовалый окунь имеет длину 12 см, а пятилетний - 35 см. В соответствии с этим и половая зрелость у него наступает в разные сроки и при разной длине, обычно в возрасте 2-3 лет. Нерест бывает ранней весной, после распаления льда: в феврале-марте - на юге, в мае-июне - на севере при температуре воды 7-8°С. Плодовитость колеблется от 12 до 300 тыс. икринок. Икра в виде длинных сетчатых лент откладывается на прошлогоднюю растительность. Икринки сильно обводненные, имеют диаметр 2,0-2,5 мм. Такой способ откладки икры обеспечивает высокую выживаемость икры и личинок. Нерест однократный. Развитие длится 2 недели. Личинки при вылуплении имеют длину около 6 мм и почти резорбированный желток, поэтому сразу начинают активно плавать и охотиться за планктоными ракообразными. Молодь в первое лето питается зоопланктоном и бентосом, а в некоторых водоемах при достижении длины 4 см - и молодью других видов рыб.
Обитает практически во всех озерах заповедника, а также реках Мокша и Сатис. Держится в придонных слоях с песчаным или заиленным грунтом. Многочисленный вид.