Её ареал охватывает громадную территорию от Британии до побережья Тихого океана в пределах лесной зоны. На севере в Скандинавии встречается до берегов Ледовитого океана; в России самые северные находки - на полуострове Таймыр, в южной Якутии и в Магаданской области. На юге доходит до севера Малой Азии, северных областей Монголии, Китая и Северной Кореи. На юго-востоке России встречается в Приморье и на о. Сахалин. В западной и центральной частях ареала малочисленна, на востоке редка.

Обитает водяная кутора по берегам небольших пресных водоёмов. Гнёзда устраивает в брошенных норах грызунов, под корнями деревьев, в валежнике, под кочками, иногда сама роет нору. Водяная кутора отлично плавает и ныряет, за что и получила своё название. Нападает она не только на беспозвоночных и рыб, но и на мышевидных грызунов и птенцов водоплавающих птиц. В её слюне содержится парализующее вещество, вырабатываемое подчелюстной слюнной железой. Благодаря ему кутора может делать запасы живых, но обездвиженных животных - укушенные ею беспозвоночные сохраняют неподвижность в течение 3-5 дней. Размножается водяная кутора в тёплый период года - с апреля по сентябрь. В выводке от 3 до 12 детёнышей; выводков в год 2-3. В природе продолжительность её жизни 2 года, в лабораторных условиях - 4 года.

По данным Л.Г. Морзовой-Туровй (1938) этот вид в некоторых случаях может встречаться вдали от водоемов. Встречается этот вид реже обыкновенной, темной и средней бурозубок. В настоящее время вид встречается довольно редко.