Масса около 6-10 г, длина тела около 40-60 мм, длина хвоста около 30-50 мм, длина предплечья 36-42 мм, размах крыльев около 25-27 см.

Ухо средней длины, маска почти голая, с розоватой кожей; ступня с когтями чуть длиннее половины голени (около 60%). Крыловая перепонка крепится к средней части плюсны. Эпиблемы нет. Мех очень густой, ровный, длинный. Волосы с более темными основаниями. Спина бурая, с оттенками от сероватого и серебристо-палевого до шоколадного, контрастирует с почти белым или светло- серым брюхом. Известны отклонения в окраске (меланизм, альбинизм, пегость). Малые предкоренные зубы обычно хорошо развиты, расположены в зубном ряду. Верхние коренные зубы с выраженными параконулями.

Лесная и лесостепная зоны Европы (почти до Приполярья), Средиземноморье, Кавказ, Западная Сибирь.

Селится по речным поймам. Убежища – дупла, постройки человека, скальные трещины. Вылетает на охоту в сумерках. Полет неровный, с резкими вертикальными бросками. Кормится обычно над водоемами, охотясь на околоводных насекомых, которых ловит в воздухе над зеркалом воды или собирает с ее поверхности. Эхолокационные сигналы средней или низкой интенсивности в диапазоне 85-35 кГц, с максимальной амплитудой около 45 кГц. Летом образует выводковые колонии около 15-100 самок, иногда вместе с другими видами летучих мышей. Самцы держатся обособленно или вместе с самками. Оседла, зимует в пещерах, трещинах скал и искусственных подземных сооружениях, часто большими скоплениями. Спаривание на зимовках. Беременность около 2 месяцев, роды в начале лета, в выводке 1 детеныш, лактация около 6-8 недель. Живет до 22 лет.

Первые сведения о встрече водяной ночницы в заповеднике относятся к 1943 г. Обычна, встречается в юго-западной части заповедника, приурочена к водоемам.