1. Инвентаризация флоры и фауны Мордовского заповедника и национального парка "Смольный", прилегающих территорий.
Работа проводится штатными научными сотрудниками совместно с учеными других организаций, специалистами в отдельных областях зоологии и ботаники. Ежегодно на территории заповедника и национального парка находят новые виды растений и животных, причем многие из них являются новыми для Республики Мордовия.

В настоящее время в Мордовском заповеднике зарегистрировано 344 вида грибов, 361 вид лишайников, 466 видов водорослей, 179 видов мохообразных, 819 видов и гибридов сосудистых растений, свыше 4500 видов беспозвоночных, 32 вида рыб, 10 видов амфибий, 7 видов рептилий, 223 вида птиц, 65 видов млекопитающих. В Мордовском заповеднике ведётся активная работа по инвентаризации таких систематических групп как грибы и беспозвоночные.

в национальном парке известно 208 видов микромицетов, 227 таксонов водорослей, 153 вида мохообразных, 784 вида и гибрида сосудистых растений, свыше 3000 видов беспозвоночных, 28 видов рыб, 11 видов амфибий, 7 видов рептилий, 214 видов птиц, 54 вида млекопитающих. В настоящее время проводится инвентаризация водорослей и беспозвоночных. Ждут своих исследователей флора грибов и лишайников.

2. Инвентаризация редких видов животных и растений.
Работа проводится в рамках ведения Красной книги Мордовии. В задачи научных сотрудников входят мониторинг популяций редких видов и поиск их ранее неизвестных местонахождений. За время длительную историю изучения флоры и фауны ООПТ было обнаружено значительное количество редкостей (списки видов можно найти в кадастровых сведениях о МГПЗ имени П.Г. Смидовича и НП "Смольный").

В лесах, реках, пойменных озерах, болотах, на лугах Мордовского заповедника обитает множество редких растений, грибов и животных. Среди них виды, включенные в Красную книгу Республики Мордовия (2005, 2017): 7 видов мохообразных, 48 – сосудистых растений, 24 – лишайников, 15 – грибов, 11 – рыб, 4 – земноводных, 2 – рептилий, 69 – птиц и 23 вида млекопитающих. В том числе орхидеи венерин башмачок настоящий, пыльцеголовник красный, неоттианта клобучковая, гриб грифола курчавая, редчайшие лишайники лобария легочная и менегация пробуравленная, птицы орлан-белохвост, большой подорлик, черный аист и многие другие виды. 

Природные комплексы национального парка "Смольный" также богаты редкими видами. Из основного списка Красной книги Республики Мордовия (2005, 2017) здесь зарегистрированы 1 вид водорослей, 8 – мохообразных, 32 – сосудистых растений, 1 – грибов, 33 – насекомых, 2 – пауков, 5 – рыб, 4 – амфибий, 3 – рептилий, 60 – птиц и 16 – млекопитающих; 2 вида сосудистых растений, 4 вида насекомых и 20 видов птиц входят в перечень видов, занесенных в Красную книгу Российской Федерации (2001, 2008). В том числе растения неоттианта клобучковая, ирис безлистный, бабочки мнемозина, аполлон обыкновенный, жуки красотел пахучий, бронзовка гладкая, бронзовка Фибера, пчела-плотник, птицы беркут, большой подорлик, могильник, змееяд, степной лунь, большой кроншнеп, филин, кулик-сорока, серый сорокопут и другие виды.

3. Экологический мониторинг.
Это одно из важнейших направлений деятельности Мордовского заповедника и национального парка "Смольный". Данные экологического мониторинга на ООПТ являются платформой для оценки и прогноза состояния природных комплексов на региональном, федеральном и международном уровнях.

В Мордовском заповеднике проводятся ежегодные зимние маршрутные учеты (ЗМУ) зверей и птиц, сезонные учеты боровой дичи и водоплавающих птиц, учеты бобровых поселений и др. Также обследуются лесные геоботанические пробные площади, заложенные в 1968-2010 гг. для изучения первичных и вторичных сукцессий, пробные площади по учету редких растений, занесенных в Красную книгу Российской Федерации (2008) и Красную книгу Республики Мордовия (2017), проводится картирование растительности стариц р. Мокши. На заповедной территории установлено 2 метеостанции в центральной части и на западе, которые ежедневно фиксируют динамику погодных условий. Начиная с момента образования заповедника, ведутся круглогодичные фенологические наблюдения на 6 стационарных маршрутах. ФГБУ "Заповедная Мордовия" участвует в международном проекте "Eurasian Chronicle of Nature - Large Scale Analysis of Changing Ecosystems (ECN)" («Летопись природы Евразии: крупномасштабный анализ изменяющихся экосистем»).

На территории национального парка "Смольный" ежегодно проводятся аналогичные учеты зверей и птиц, картирование растительности стариц р. Алатырь, изучение динамики популяций редких растений из федеральной и региональной Красных книг. Здесь также на протяжении всего календарного года ведутся фенологические наблюдения, работает автоматическая метеостанция.

4. Изучение динамики естественного развития природных комплексов.
В Мордовском заповеднике выделено несколько участков особого режима разной площади (в северо-западной, западной, центральной и восточной частях заповедника), где полностью запрещено любое вмешательство человека в ход естественных процессов. Именно на них располагаются геоботанические пробные площади для изучения первичных и пирогенных сукцессий. Всего заложено 40 единиц по всей заповедной территории, 27 из которых - в хвойных, смешанных и лиственных лесах Мордовского заповедника в период с 1968 по 1972 гг., 1 - в 1992 г., - для изучения смен растительных сообществ и 12 - для изучения послепожарных сукцессий. В национальном парке "Смольный" организовано 7 геоботанических площадей для изучения динамики природных комплексов. Кроме того, в заповеднике и национальном парке, начиная с 2008 г., проводится изучение динамики зарастания озер - стариц рек Мокши и Алатыря.

5. Развитие гербария и зоологических коллекций. 
Гербарий Мордовского заповедника был основан в 1936 году Н.И. Кузнецовым – первым исследователем растительного покрова этой территории. Сначала коллекция размещалась в одном фанерном шкафу, а гербарные листы объединялись по семействам общей рубашкой. Впоследствии гербарий сосудистых растений, мхов и лишайников был дополнен научными сотрудниками Мордовского заповедника – Н.В. Бородиной, Л.В. Долматовой и Л.В. Терёшкиной, размещен в семи деревянных шкафах и расположен по системе А. Энглера. На современном этапе (2008-2019 гг.) гербарная коллекция МГПЗ ежегодно дополняется сотрудникам научного отдела Ершковой (р.ф. Варгот) Е.В., Хапугиным А.А., Гришуткиным О.Г., Сосниной М.В., Гришуткиной Г.А. (сосудистые растения, мохообразные). Коллекция макромицетов значительно дополнена С.Ю. Большаковым, лишайников - И.Н. Урбанавичене и Г.П. Урбанавичюсом. В начале 2012 г. Гербарий МГПЗ получил международный акроним HMNR. Сегодня коллекция состоит из фунгария (более 1000 образцов), сборов сосудистых растений (более 3500 листов), мохообразных (более 500 образцов). Сборы сосудистых растений оцифрованы и частично доступны на нашем сайте в разделе "Электронный гербарий". Гербарий флоры национального парка "Смольный" хранится в пос. Смольный, в здании Администрации филиала "Национальный парк "Смольный" ФГБУ "Заповедная Мордовия" (Ичалковский район Республики Мордовия).

Также в Мордовском заповеднике была образована коллекция черепов различных животных, картотека с учетными данными. Проводится активная работа по формированию коллекций насекомых, рыб, земноводных и пресмыкающихся; все данные по коллекциям заносятся в цифровые базы данных. Сами коллекции доступны для просмотра в здании Администрации филиала "Мордовский государственный природный заповедник имени П.Г. Смидовича" ФГБУ "Заповедная Мордовия" (пос. Пушта, Темниковский район Республики Мордовия).

6. Издание "Трудов Мордовского государственного природного заповедника имени П. Г. Смидовича", "Научных трудов национального парка "Смольный", другой печатной продукции.
За время существования Мордовского заповедника и национального парка Смольный" разными поколениями ученых и научных сотрудников было подготовлено 23 выпуска "Трудов МГПЗ им. П.Г. Смидовича", 3 выпуска "Научных трудов национального парка "Смольный". Все выпуски доступны на нашем сайте в разделе "Научные издания". Кроме того, научными сотрудниками ФГБУ "Заповедная Мордовия" подготовлено значительное число (более 1000) научных публикаций (монографий, статей, тезисов) в других изданиях. За время существования МГПЗ и НП "Смольный" выпущено 10 книг из серии "Флора и фауна заповедников" и  2 книги из серии "Флора и фауна национальных парков". Со списками публикаций научных сотрудников ФГБУ "Заповедная Мордовия" можно ознакомиться в разделе "Научные сотрудники" нашего сайта, а перечни научных и научно-популярных трудов о природе Мордовского заповедника и национального парка "Смольный" доступны в разделе "Научные публикации".